از سال 1364 معاونت های جنگ و پشتيبانی كه بعدها به نام معاونت دفاعی در دانشگاه ها تغيير نام پيدا كرد زير نظر رئيس دانشگاه تشكيل شد. عمده فعاليت اين معاونت، سازماندهی و اعزام دانشجويان داوطلب به جبهه و همچنين رسيدگی به مسائل آموزشی و غير آموزشی دانشجويان تحت پوشش بود. در سال هزار و سیصد و هفتاد در شورای عالی انقلاب فرهنگی بحث جايگزينی اداره امور دانشجويان شاهد و ايثارگر به جای پست معاونت دفاعی مطرح شد كه بر اساس مصوبه 274 مورخ 20/12/70 در شورای عالی انقلاب فرهنگی ايجاد اداره دانشجویان شاهد و ایثارگر در دانشگاه ها زير نظر رئيس دانشگاه تصويب شد. لازم به توضيح است كه قبلا در كنار اداره معاونت دفاعی، ستادی به نام ستاد شاهد وجود داشت كه مسئولیت رسیدگی به امورفرزندان شاهد را بر عهده داشت كه بر اساس مصوبه مذكور با معاونت دفاعی ادغام شد و اداره امور دانشجويان شاهد و ايثارگر جایگزین گردید.